La diferencia entre indio se basa en que indio es el gentilicio nacidos en la India, y ser indígena es ser habitante originario de un lugar.
La palabra indio también se toma como sinónimo de indígena y, a pesar de ser aceptada y difundida, es en su origen una concepción errónea que comienza cuando Cristóbal Colón la usa para denominar a los habitantes de América al llegar al continente en el año 1492 creyendo haber llegado a la India.
La palabra indio ha sido utilizada paralelamente con la palabra indígena para hacer referencia a los pueblos autóctonos, y esto ocasiona confusión.
Debido al sentido despectivo que indio denota para muchos de los pueblos indígenas en América, los países americanos prefieren usar la palabra indígena al ser más correcta y precisa.
Este tema suele ser controversial, ya que, después de años de lucha por los derechos indígenas, ya sea territorial o cultural, muchos han adoptado la palabra indio con orgullo porque conlleva el simbolismo de la incomprensión y represión.